Korleis undersøkinga blir utført vil variere ut fra årsaka til undersøkinga.
Undersøkinga gjer i utgangspunktet ikkje vondt. Ved mykje luft i tarmen kan ein likevel oppleve luftsmerter i samband med undersøkinga. Full urinblære kan også gi ubehag ved undersøkinga.
Vanlegvis ligg du på ein benk med beinhaldar under undersøkinga, og du må vere avkledd nedantil. For å få oversikt vil legen føre eit instrument inn i skjeden. Instrumentet blir påført glidemiddel for å gjere undersøkinga meir skånsam. Avhengig av årsak til undersøkinga kan det samtidig vere nødvendig å ta celle-, vevs-, bakterie- eller virusprøvar. Som eit ledd i undersøkinga vil legen legge eit press over magen samtidig som han/ho undersøker skjeden med 1-2 fingrar. Hensikta er å finne ut om det er uvanleg oppfylling eller uvanlege smerter i magen og underlivet. Det kan også vere aktuelt å undersøke endetarmen. Den gynekologiske undersøkinga blir vanlegvis avslutta med vaginal ultralyd.